Сектор за међународну сарадњу обавља послове који се односе на: праћење, анализирање и усмеравање спровођења обавеза које проистичу из процеса приступања ЕУ, СТО и другим међународним организацијама, односно чланства у ЕУ, СТО, међународним организацијама, као и обавеза преузетих закључењем међународних споразума, протокола и иницијатива у области пољопривреде; учествовање у изради и хармонизацији закона и других прописа са прописима ЕУ, правилима, принципима и споразумима СТО и стандардима међународних организација и међународних споразума; праћење, анализирање и предлагање мера за унапређење спољнотрговинске размене пољопривредних и прехрамбених производа са ЕУ, другим државама и регионима; припрема информација и платформи за преговоре и сарадњу са ЕУ, СТО, међународним организацијама, као и са другим државама и регионима; координацију пословима сарадње са другим државама у оквиру CEFTA, EFTA и сличних споразума; координацију активности у вези посета високих званичника иностраних влада, страних делегација и службених путовања министра; координацију активности на идентификацији потреба за међународном помоћи, представљању потреба и обезбеђивању међународне помоћи; програмирање и координирање пројеката финансираних из средстава донација и развојне помоћи, фондова ЕУ, као и билатералних и мултилатералних извора наменских средстава; обавља и друге послове из ове области.

У Сектору за међународну сарадњу образују се следеће уже унутрашње јединице:

1. Одсек за међународну сарадњу
2. Одељење за европске интеграције
3. Одсек за управљање пројектима