Секретаријат Министарства обавља послове од заједничког интереса за Министарство који се односе на: опште, аналитичке, стручно – оперативне, статистичко – евиденционе, документационе, канцеларијско – административне, информатичке, финансијске, рачуноводствене, јавне набавке, руковање опремом, и друге послове из делокруга Секретаријата.
У Секретаријату Министарства образују се следеће уже унутрашње јединице:
- Одсек за опште и административне послове,
- Одсек за економско – финансијске послове,
- Група за јавне набавке,
- Одсек за информационе технологије.
1.Одсек за опште и административне послове обавља послове који се односе на: припрему, израду, праћење и реализације општих и појединачних аката који се односе на организацију и рад Министарства и припрему уговора и анекса уговора из делокруга Одсека, а који су од заједничког интереса за цело Министарство; учешће у спровођењу поступака јавних набавки за севисирање и одржавање возила и мобилне телефоније и припрему предлог финансијских средстава за одржавање истих; припрему обавештења и информација, у вези са променема у раду Секретаријата и осталих ужих унутрашњих јединица у Министарству; планирање и предузимање активности које се односе на остваривање безбедности и здравља на раду; припрему поступка пописа имовине; вођење евиденције имовине Министарства и сарадњу са Републичком дирекцијом за имовину ради достављања података из евиденције о имовини Министарства; планирање и предузимање активности у областима одбране и ванредних ситуација, рад са поверљивим информацијама из области одбране, као и сарадњу са другим државним органима и организацијама у овој области; спровођење прописа који уређују област узбуњивања; организацију службених путовања у земљи и иностранству; вођење евиденције о распореду основних средстава у пословним просторијама, као и задуживање и раздуживање запослених са основним средствима; организовање текућег одржавања опреме; координацију послова за несметано коришћење услуга фиксне и мобилне телефоније; израду месечних и годишњих планова са исказаним потребама за набавку потрошног материјала, као и дистрибуцију потрошног материјала; организацију коришћења возног парка пољопривредне инспекције; старање о техничкој исправности, одржавању и регистрацији службених возила пољопривредне инспекције; евиденцију о утрошку горива за службене аутомобиле пољопривредне инспекције; обавља и друге послове из ове области.
2.Одсек за економско – финансијске послове обавља послове који се односе на: учешће у припреми и изради предлога прилога за меморандума о буџету, Предлога годишњег финансијског плана за израду закона о буџету, оперативних финансијских планова и завршног рачуна; праћење реализације буџета по економским класификацијама и израда периодичних и годишњих извештаја о реализацији буџета и финансијског плана; израду анализа и информација које служе као стручна основа за утврђивање, планирање и спровођење финансијске политике; припрему финансијске документације за реализацију исплата; обраду података за исплату других примања и накнада запослених и ангажованих лица, набавку основних средстава, опреме и канцеларијског материјала, службена путовања запослених у земљи и иностранству; утврђивање евиденције о реализацији финансијских трансакција; контролу рачуноводствених исправа; вођење пословних књига и усклађивања са главном књигом Трезора; организацију и вршење финансијских и функција исплата свих Програма који дефинишу услове и начине субвенционисања пољопривреде, а односе се на: унапређење институционалне подршке развоја пољопривреде, мере структурне подршке у пољопривреди, мере селекције, унапређење рада пољопривредних саветодавних стручних служби, субвенционисање мера и акција у пољопривреди, као и мера које дефинишу унапређење стручног знања и усавршавања у пољопривреди; припрему годишњих и месечних биланса потребних за финансирање субвенција у пољопривреди; праћење стања и израду економске анализе у области финансирања субвенција у пољопривреди; обавља и друге послове из ове области.
3.Група за јавне набавке обавља послове који се односе на: припрему предлога плана набавки Министарства и предлога измена плана набавки; координацију активности на изради и усвајању годишњег плана набавки министарства; израду интерног акта којим се ближе уређује поступак јавне набавке и праћење спровођења интерног акта; одређивање динамике покретања поступака набавки, одређивање одговарајуће врсте поступака и утврђивање истоврсности добара, услуга и радова; припрему предлога одлука, решења, уговора, обавештења, конкурсне документације и других аката у поступку јавне набавке за потребе Министарства; вођење евиденције о закљученим уговорима о набавкама и достава закључених уговора лицима одређеним за рализацију и праћење реалиације уговора; праћење извршења плана набавки по различитим критеријумима; извештавање о извршењу плана набавки и достављање истих Управи за јавне набавке; израду модела конкурсне документације; обавља и друге послове из ове области.
4.Одсек за информационе технологије обавља послове који се односе на: креирање и примену глобалне стратегије развоја информационе технологије у циљу задовољења тренутних и будућих потреба Министарства; планирање, развој и унапређење програмског, системског, мрежног и техничког система Министарства у складу са актуелним информатичким трендовима; пројектовање и имплементацију архитектуре информационог система; организовање и утврђивање методологије и поступака за администрирање оперативних система, софтвера за управљање базама података, софтвера за разне врсте заштита, као и других програмских решења; развој и одржавање стандарда и процедура неопходних да се обезбеди примена највишег нивоа контроле квалитета свих електронских података, њихова транспарентност и заштита у складу са важећом законском регулативом; развој система за несметан и квалитетан проток информација између сектора, органа управе у саставу Министарства и других унутрашњих јединица; израду планова и предлога за набавку нове рачунске и комуникационе опреме; преузимање, расподелу и инсталирање нове опреме; организовање и утврђивање поступака за администрирање и одржавање рачунарске и мрежне опреме; учешће у изради и реализацији пројеката из домена информатике у којима учествује више министарстава или пројеката који произилазе из уговора о међународној сарадњи; планирање и обуку крајњих корисника информационог система, одржавање и развој пројектно-програмске документације; обавља и друге послове из ове области.