Одељење за управљање ИПАРД програмом обавља послове који се односе на: спровођење обавеза преузетих закључивањем Оквирног споразума између Републике Србије и Европске комисије о правилима за спровођење финансијске помоћи Европске уније Републици Србији у оквиру инструмента за претприступну помоћ (ИПА), Секторског споразума између Владе Републике Србије и Европске комисије о механизмима примене финансијске помоћи Уније Републици Србији у оквиру инструмента за претприступну помоћ у области подршке пољопривреди и руралном развоју (ИПАРД), Финансијског споразума између Владе Републике Србије и Европске комисије за ИПАРД помоћ за пољопривреду и рурални развој у оквиру инструмента за претприступну помоћ ИПА; припрему, измену и спровођење ИПАРД програма, укључујући одабир мера, промоцију и видљивост, a у циљу повећања ефикасности, унапређења ефективности мерa ИПАРД програма и социоекономских аспеката живота у руралним областима, повећања конкурентности пољопривредне производње, шумарског и сектора рибарства, очувања животне средине, пружања подршке диверзификацији руралне економије и квалитету живота у руралним областима укључујући и унапређење руралне инфраструктуре у складу са акредитованим процедурама рада; пружање подршке успостављању Локалних акционих група и спровођењу Локалних стратегија руралног развоја у склопу ИПАРД програма; припрему и спровођење мере Техничка помоћ и јавне набавке према правилима ЕУ за спољашње активности (ПРАГ правила); праћење, вредновање и извештавање о постигнутом напретку у спровођењу програма и крајњим резултататима; координацију рада Одбора за праћење ИПАРД програма; спровођење сарадње са Генералним директоратом за пољопривреду и рурални развој Европске комисије и другим телима ЕУ у области инструмента претприступне помоћи (ИПА) и националним организацијама и институцијама у области пољопривреде и руралног развоја; учествовање у изради стратешких и планских докумената, хармонизацији закона и других прописа са прописима ЕУ; учествовање у раду тела и спровођењу акционих планова за процес приступања ЕУ; обавља и друге послове из ове области. 

У Одељењу за управљање ИПАРД програмом образују се следеће уже унутрашње јединице:

1. Група за програмирање мера ИПАРД програма за унапређење конкурентности, руралне инфраструктуре и LEADER приступа,
2. Група за програмирање ИПАРД мера за унапређење квалитета живота у руралним подручјима,
3. Група за праћење, вредновање и извештавање о ИПАРД програму,
4. Група за техничку помоћ и промоцију ИПАРД програма.

1.Група за програмирање мера ИПАРД програма за унапређење конкурентности, руралне инфраструктуре и LEADER приступа обавља послове који се односе на: припрему, измену и спровођење ИПАРД програма, укључујући одабир мера, у циљу повећања ефикасности, унапређења ефективности мерa ИПАРД програма и социоекономских аспеката живота у руралним областима, повећања конкурентности пољопривредне производње, шумарског и сектора рибарства, пружања подршке у унапређењу руралне инфраструктуре у складу са акредитованим процедурама рада; израду мера за унапређење конкурентности, руралне инфраструктуре и пружање подршке успостављању Локалних акционих група и спровођењу Локалних стратегија руралног развоја по LEADER приступу у склопу ИПАРД програма; израду правних аката потребних за спровођење мера ИПАРД програма, као и контрола усклађености ИПАРД програма са Националним програмом руралног развоја и програмима подршке пољопривреди и руралном развоју на нивоу ЈЛС и АП; планирање и координацију прерасподеле средстава између мера ИПАРД програма у циљу боље искоришћености ИПАРД средстава; сарадњу с унутрашњим организационим јединицама Министарства, а посебно с Управом за аграрна плаћања, националним и међународним организацијама, телима државне управе, јединицама локалне самоуправе, стручним установама и удружењима, а посебно с Управом за аграрна плаћања; обавља и друге послове из ове области.

2.Група за програмирање ИПАРД мера за унапређење квалитета живота у руралним подручјима обавља послове које се односе на: припрему, измену и спровођење ИПАРД програма у циљу унапређења квалитета живота у руралним подручјима, кроз мере одрживог руралног развоја – агроеколошке мере и социоекономских аспеката живота у руралним областима, кроз диверзификацију руралне економије и креирање услова за проширење непољопривредних активности у руралним областима у складу са акредитованим процедурама рада; израду правних аката потребних за спровођење мера ИПАРД програма, као и контрола усклађености ИПАРД програма са Националним програмом руралног развоја; сарадњу сa унутрашњим организационим јединицама Министарства, а посебно с Управом за аграрна плаћања, националним и међународним организацијама, телима државне управе, јединицама локалне самоуправе, стручним установама и удружењима; обавља и друге послове из наведених области.

3.Група за праћење, вредновање и извештавање о ИПАРД програму обавља послове који се односе на: успостављање система праћења, вредновања и извештавања о реализацији ИПАРД програма; праћење и мерење постигнутих резултата; спровођење вредновања ИПАРД програма ex ante, ongoing и ex post; одржавање и унапређење система праћења и извештавања о реализацији програмског документа у складу са акредитованим процедурама рада; израду извештаја о спровођењу ИПАРД програма; праћење искоришћености средстава ИПАРД програма и прерасподелу средстава између мера ИПАРД програма; координира рад Одбора за праћење ИПАРД програма; сарадњу с унутрашњим организационим јединицама Министарства, а посебно с Управом за аграрна плаћања, националним и међународним организацијама, телима државне управе, јединицама локалне самоуправе, стручним установама и удружењима; обавља и друге послове из ове области.

4.Група за техничку помоћ и промоцију ИПАРД програма обавља послове који се односе на: припрему, измену и спровођење Плана активности видљивости и комуникације ИПАРД програма; израду годишњег акционог плана комуникације и промоције; припрему годишњег акционог плана за спровођење мере Техничка помоћ у складу са акредитованим процедурама рада; спровођење и контрола реализације мере Техничка помоћ; припрема и спроводи јавне набавке према правилима ЕУ за спољашње активности (ПРАГ правила); обавља контролу над спровођењем поступка јавне набавке и извршењем закључених уговора у оквиру мере Техничка помоћ; контролу и извештавање о реализацији мере Техничка помоћ, плана видљивости и комуникације; сарадњу са унутрашњим организационим јединицама Министарства, а посебно с Управом за аграрна плаћања, националним и међународним организацијама, телима државне управе, јединицама локалне самоуправе, стручним установама и удружењима; обавља и друге послове из ове области.