Odeljenje za upravljanje IPARD programom obavlja poslove koji se odnose na: sprovođenje obaveza preuzetih zaključivanjem Okvirnog sporazuma između Republike Srbije i Evropske komisije o pravilima za sprovođenje finansijske pomoći Evropske unije Republici Srbiji u okviru instrumenta za pretpristupnu pomoć (IPA), Sektorskog sporazuma između Vlade Republike Srbije i Evropske komisije o mehanizmima primene finansijske pomoći Unije Republici Srbiji u okviru instrumenta za pretpristupnu pomoć u oblasti podrške poljoprivredi i ruralnom razvoju (IPARD), Finansijskog sporazuma između Vlade Republike Srbije i Evropske komisije za IPARD pomoć za poljoprivredu i ruralni razvoj u okviru instrumenta za pretpristupnu pomoć IPA; pripremu, izmenu i sprovođenje IPARD programa, uključujući odabir mera, promociju i vidljivost, a u cilju povećanja efikasnosti, unapređenja efektivnosti mera IPARD programa i socioekonomskih aspekata života u ruralnim oblastima, povećanja konkurentnosti poljoprivredne proizvodnje, šumarskog i sektora ribarstva, očuvanja životne sredine, pružanja podrške diverzifikaciji ruralne ekonomije i kvalitetu života u ruralnim oblastima uključujući i unapređenje ruralne infrastrukture u skladu sa akreditovanim procedurama rada; pružanje podrške uspostavljanju Lokalnih akcionih grupa i sprovođenju Lokalnih strategija ruralnog razvoja u sklopu IPARD programa; pripremu i sprovođenje mere Tehnička pomoć i javne nabavke prema pravilima EU za spoljašnje aktivnosti (PRAG pravila); praćenje, vrednovanje i izveštavanje o postignutom napretku u sprovođenju programa i krajnjim rezultatatima; koordinaciju rada Odbora za praćenje IPARD programa; sprovođenje saradnje sa Generalnim direktoratom za poljoprivredu i ruralni razvoj Evropske komisije i drugim telima EU u oblasti instrumenta pretpristupne pomoći (IPA) i nacionalnim organizacijama i institucijama u oblasti poljoprivrede i ruralnog razvoja; učestvovanje u izradi strateških i planskih dokumenata, harmonizaciji zakona i drugih propisa sa propisima EU; učestvovanje u radu tela i sprovođenju akcionih planova za proces pristupanja EU; obavlja i druge poslove iz ove oblasti. 

U Odeljenju za upravljanje IPARD programom obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:

1. Grupa za programiranje mera IPARD programa za unapređenje konkurentnosti, ruralne infrastrukture i LEADER pristupa,
2. Grupa za programiranje IPARD mera za unapređenje kvaliteta života u ruralnim područjima,
3. Grupa za praćenje, vrednovanje i izveštavanje o IPARD programu,
4. Grupa za tehničku pomoć i promociju IPARD programa.

1.Grupa za programiranje mera IPARD programa za unapređenje konkurentnosti, ruralne infrastrukture i LEADER pristupa obavlja poslove koji se odnose na: pripremu, izmenu i sprovođenje IPARD programa, uključujući odabir mera, u cilju povećanja efikasnosti, unapređenja efektivnosti mera IPARD programa i socioekonomskih aspekata života u ruralnim oblastima, povećanja konkurentnosti poljoprivredne proizvodnje, šumarskog i sektora ribarstva, pružanja podrške u unapređenju ruralne infrastrukture u skladu sa akreditovanim procedurama rada; izradu mera za unapređenje konkurentnosti, ruralne infrastrukture i pružanje podrške uspostavljanju Lokalnih akcionih grupa i sprovođenju Lokalnih strategija ruralnog razvoja po LEADER pristupu u sklopu IPARD programa; izradu pravnih akata potrebnih za sprovođenje mera IPARD programa, kao i kontrola usklađenosti IPARD programa sa Nacionalnim programom ruralnog razvoja i programima podrške poljoprivredi i ruralnom razvoju na nivou JLS i AP; planiranje i koordinaciju preraspodele sredstava između mera IPARD programa u cilju bolje iskorišćenosti IPARD sredstava; saradnju s unutrašnjim organizacionim jedinicama Ministarstva, a posebno s Upravom za agrarna plaćanja, nacionalnim i međunarodnim organizacijama, telima državne uprave, jedinicama lokalne samouprave, stručnim ustanovama i udruženjima, a posebno s Upravom za agrarna plaćanja; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

2.Grupa za programiranje IPARD mera za unapređenje kvaliteta života u ruralnim područjima obavlja poslove koje se odnose na: pripremu, izmenu i sprovođenje IPARD programa u cilju unapređenja kvaliteta života u ruralnim područjima, kroz mere održivog ruralnog razvoja – agroekološke mere i socioekonomskih aspekata života u ruralnim oblastima, kroz diverzifikaciju ruralne ekonomije i kreiranje uslova za proširenje nepoljoprivrednih aktivnosti u ruralnim oblastima u skladu sa akreditovanim procedurama rada; izradu pravnih akata potrebnih za sprovođenje mera IPARD programa, kao i kontrola usklađenosti IPARD programa sa Nacionalnim programom ruralnog razvoja; saradnju sa unutrašnjim organizacionim jedinicama Ministarstva, a posebno s Upravom za agrarna plaćanja, nacionalnim i međunarodnim organizacijama, telima državne uprave, jedinicama lokalne samouprave, stručnim ustanovama i udruženjima; obavlja i druge poslove iz navedenih oblasti.

3.Grupa za praćenje, vrednovanje i izveštavanje o IPARD programu obavlja poslove koji se odnose na: uspostavljanje sistema praćenja, vrednovanja i izveštavanja o realizaciji IPARD programa; praćenje i merenje postignutih rezultata; sprovođenje vrednovanja IPARD programa ex ante, ongoing i ex post; održavanje i unapređenje sistema praćenja i izveštavanja o realizaciji programskog dokumenta u skladu sa akreditovanim procedurama rada; izradu izveštaja o sprovođenju IPARD programa; praćenje iskorišćenosti sredstava IPARD programa i preraspodelu sredstava između mera IPARD programa; koordinira rad Odbora za praćenje IPARD programa; saradnju s unutrašnjim organizacionim jedinicama Ministarstva, a posebno s Upravom za agrarna plaćanja, nacionalnim i međunarodnim organizacijama, telima državne uprave, jedinicama lokalne samouprave, stručnim ustanovama i udruženjima; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

4.Grupa za tehničku pomoć i promociju IPARD programa obavlja poslove koji se odnose na: pripremu, izmenu i sprovođenje Plana aktivnosti vidljivosti i komunikacije IPARD programa; izradu godišnjeg akcionog plana komunikacije i promocije; pripremu godišnjeg akcionog plana za sprovođenje mere Tehnička pomoć u skladu sa akreditovanim procedurama rada; sprovođenje i kontrola realizacije mere Tehnička pomoć; priprema i sprovodi javne nabavke prema pravilima EU za spoljašnje aktivnosti (PRAG pravila); obavlja kontrolu nad sprovođenjem postupka javne nabavke i izvršenjem zaključenih ugovora u okviru mere Tehnička pomoć; kontrolu i izveštavanje o realizaciji mere Tehnička pomoć, plana vidljivosti i komunikacije; saradnju sa unutrašnjim organizacionim jedinicama Ministarstva, a posebno s Upravom za agrarna plaćanja, nacionalnim i međunarodnim organizacijama, telima državne uprave, jedinicama lokalne samouprave, stručnim ustanovama i udruženjima; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.