Sektor za međunarodnu saradnju obavlja poslove koji se odnose na: praćenje, analiziranje i usmeravanje sprovođenja obaveza koje proističu iz procesa pristupanja EU, STO i drugim međunarodnim organizacijama, odnosno članstva u EU, STO, međunarodnim organizacijama, kao i obaveza preuzetih zaključenjem međunarodnih sporazuma, protokola i inicijativa u oblasti poljoprivrede; učestvovanje u izradi i harmonizaciji zakona i drugih propisa sa propisima EU, pravilima, principima i sporazumima STO i standardima međunarodnih organizacija i međunarodnih sporazuma; praćenje, analiziranje i predlaganje mera za unapređenje spoljnotrgovinske razmene poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda sa EU, drugim državama i regionima; priprema informacija i platformi za pregovore i saradnju sa EU, STO, međunarodnim organizacijama, kao i sa drugim državama i regionima; koordinaciju poslovima saradnje sa drugim državama u okviru CEFTA, EFTA i sličnih sporazuma; koordinaciju aktivnosti u vezi poseta visokih zvaničnika inostranih vlada, stranih delegacija i službenih putovanja ministra; koordinaciju aktivnosti na identifikaciji potreba za međunarodnom pomoći, predstavljanju potreba i obezbeđivanju međunarodne pomoći; programiranje i koordiniranje projekata finansiranih iz sredstava donacija i razvojne pomoći, fondova EU, kao i bilateralnih i multilateralnih izvora namenskih sredstava; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.

U Sektoru za međunarodnu saradnju obrazuju se sledeće uže unutrašnje jedinice:

1. Odsek za međunarodnu saradnju
2. Odeljenje za evropske integracije
3. Odsek za upravljanje projektima