Одсек за европске интеграције обавља  послове који се односе на: анализу и израду основе за преговоре о придруживању и  приступању ЕУ у области пољопривреде и руралног развоја, безбедности хране, ветеринарских и фитосанитарних питања и рибарства и праћење спровођења Споразума о стабилизацији и придруживању; праћење и анализу политика ЕУ у области пољопривреде и руралног развоја безбедности хране, ветеринарских и фиотсанитарних питања и рибарства и припрему мера за прилагођавање политике у области пољопривреде и руралног развоја безбедности хране, ветеринарских и фиотсанитарних питања и рибарства политици ЕУ; праћење и анализирање законодавства ЕУ, ради иницирања промене постојећих и доношења нових прописа и имплементације истих; учествовање у изради и хармонизацији закона и других прописа са прописима ЕУ; предлагање мера и активности за унапређивање процеса приступања односно сарадње са ЕУ; праћење, анализирање и усмеравање спровођења обавеза које проистичу из процеса приступања односнo чланства ЕУ; припрема информација и платформи за преговоре са ЕУ, и учествовање у преговорима за приступање ЕУ; комуникацију, координацију и сарадњу са другим надлежним државним органима и службама Владе, институцијама ЕУ, међународним организацијама, дипломатско – конзуларним представништвима Републике Србије и других држава; координацију рада унутрашњих јединица и органа управе у саставу Министарства и пружање стручне помоћи у процесу приступања ЕУ.