Одсек за управљање пројектима обавља послове који се односе на: планирање и припрему пројеката, као и спровођење и праћење спровођења пројеката и уговора који се финансирају из фондова ЕУ и међународне помоћи; припрему и усклађивање прилога за стратешке и програмске документе за финансирање из фондова ЕУ, годишње и вишегодишње планове коришћења програма помоћи ЕУ, као и координацију и консултације у процесу програмирања ИПА и међународне помоћи са овлашћеним предлагачима и заинтересованим странама; идентификацију и формулацију пројеката за коришћење средстава из фондова ЕУ и међународне помоћи; предлагање пројеката у складу са релевантном процедуром утврђеном од стране Националног ИПА координатора; усклађивање предлога пројеката са техничким захтевима, програмским и секторским приоритетима; праћење припреме пратеће пројектне документације; вођење евиденције о свим предложеним предлозима пројеката; припрему и ревизију листе приоритетних пројеката; вођење документације ради спровођења поступка ревизије; обављање неопходних активности како би средства за национално суфинансирање била на време планирана; давање препорука за унапређење процеса припреме и спровођења пројеката, учествовање у припреми акционих планова за спровођење добијених препорука у фази евалуације, као и унапређење процеса програмирања и програмских докумената на основу препорука у фази евалуације и ревизије; припрему и обраду информација за релевантне секторске групе за припрему пројеката, за извештавање релевантних одбора и пододбора за праћење спровођења пројеката и програма финансираних из фондова ЕУ и припрему акционих планова за спровођење препорука одбора и пододбора и праћење њихове реализације; информисање о потенцијалним изворима финансирања пројеката и користима од учешћа у ЕУ програмима и програмима међународне помоћи; сарадњу са релевантним међународним и националним институцијама, у процесу припреме пројеката који ће се финансирати, односно у поступку спровођења пројеката који се финансирају из донаторске међународне помоћи и међународних финансијских институција; проверу испуњености предуслова за спровођење пројеката и уговора; праћење спровођења и надзор над пројектима који се реализују из средстава донаторске међународне помоћи и међународних финансијских институција; сарадња са организационим јединица у министарству, органима управе у саставу, другим органима државне управе и заинтересованим странама у вези са пројектним активностима; припрему релевантне техничке документације за спровођење поступка јавних набавки; израду и ажурирање плана јавних набавки и плаћања за одобрене пројекте; предлагање чланова одбора за одабир понуда и пријава и учешће у одбору за одабир понуда и пријава; праћење спровођења пројеката кроз контролу активности уговорача (административна и теренска провера, провера испуњености захтева који се односе на видљивост пројеката и потврђивање исправности рачуна за плаћање поднетих од стране уговарача) и предузимање мера и активности у циљу правилног и правовременог спровођења пројеката и уговора; припрему и подношење извештаја о процесу програмирања/припреме пројеката; вођење евиденције података, припрему извештаја о спровођењу јавних набавки, спровођењу и контроли спровођења уговора, учествовање у изради стручне анализе и извештаја о реализацији и резултатима пројекта, спровођење мера за успостављање, функционисање и одрживост децентрализованог система управљања фондовима ЕУ у складу са релевантним процедурама; пружање подршке раду екстерних оцењивача, националних ревизора и ревизора Европске комисије, организовање активности од значаја за јавност и видљивост пројеката финансираних из ЕУ; обавља и друге послове из ове области.