Odsek za upravljanje projektima obavlja poslove koji se odnose na: planiranje i pripremu projekata, kao i sprovođenje i praćenje sprovođenja projekata i ugovora koji se finansiraju iz fondova EU i međunarodne pomoći; pripremu i usklađivanje priloga za strateške i programske dokumente za finansiranje iz fondova EU, godišnje i višegodišnje planove korišćenja programa pomoći EU, kao i koordinaciju i konsultacije u procesu programiranja IPA i međunarodne pomoći sa ovlašćenim predlagačima i zainteresovanim stranama; identifikaciju i formulaciju projekata za korišćenje sredstava iz fondova EU i međunarodne pomoći; predlaganje projekata u skladu sa relevantnom procedurom utvrđenom od strane Nacionalnog IPA koordinatora; usklađivanje predloga projekata sa tehničkim zahtevima, programskim i sektorskim prioritetima; praćenje pripreme prateće projektne dokumentacije; vođenje evidencije o svim predloženim predlozima projekata; pripremu i reviziju liste prioritetnih projekata; vođenje dokumentacije radi sprovođenja postupka revizije; obavljanje neophodnih aktivnosti kako bi sredstva za nacionalno sufinansiranje bila na vreme planirana; davanje preporuka za unapređenje procesa pripreme i sprovođenja projekata, učestvovanje u pripremi akcionih planova za sprovođenje dobijenih preporuka u fazi evaluacije, kao i unapređenje procesa programiranja i programskih dokumenata na osnovu preporuka u fazi evaluacije i revizije; pripremu i obradu informacija za relevantne sektorske grupe za pripremu projekata, za izveštavanje relevantnih odbora i pododbora za praćenje sprovođenja projekata i programa finansiranih iz fondova EU i pripremu akcionih planova za sprovođenje preporuka odbora i pododbora i praćenje njihove realizacije; informisanje o potencijalnim izvorima finansiranja projekata i koristima od učešća u EU programima i programima međunarodne pomoći; saradnju sa relevantnim međunarodnim i nacionalnim institucijama, u procesu pripreme projekata koji će se finansirati, odnosno u postupku sprovođenja projekata koji se finansiraju iz donatorske međunarodne pomoći i međunarodnih finansijskih institucija; proveru ispunjenosti preduslova za sprovođenje projekata i ugovora; praćenje sprovođenja i nadzor nad projektima koji se realizuju iz sredstava donatorske međunarodne pomoći i međunarodnih finansijskih institucija; saradnja sa organizacionim jedinica u ministarstvu, organima uprave u sastavu, drugim organima državne uprave i zainteresovanim stranama u vezi sa projektnim aktivnostima; pripremu relevantne tehničke dokumentacije za sprovođenje postupka javnih nabavki; izradu i ažuriranje plana javnih nabavki i plaćanja za odobrene projekte; predlaganje članova odbora za odabir ponuda i prijava i učešće u odboru za odabir ponuda i prijava; praćenje sprovođenja projekata kroz kontrolu aktivnosti ugovorača (administrativna i terenska provera, provera ispunjenosti zahteva koji se odnose na vidljivost projekata i potvrđivanje ispravnosti računa za plaćanje podnetih od strane ugovarača) i preduzimanje mera i aktivnosti u cilju pravilnog i pravovremenog sprovođenja projekata i ugovora; pripremu i podnošenje izveštaja o procesu programiranja/pripreme projekata; vođenje evidencije podataka, pripremu izveštaja o sprovođenju javnih nabavki, sprovođenju i kontroli sprovođenja ugovora, učestvovanje u izradi stručne analize i izveštaja o realizaciji i rezultatima projekta, sprovođenje mera za uspostavljanje, funkcionisanje i održivost decentralizovanog sistema upravljanja fondovima EU u skladu sa relevantnim procedurama; pružanje podrške radu eksternih ocenjivača, nacionalnih revizora i revizora Evropske komisije, organizovanje aktivnosti od značaja za javnost i vidljivost projekata finansiranih iz EU; obavlja i druge poslove iz ove oblasti.